Hội doanh nghiệp nhỏ và vừa Việt -Đức được tổ chức và hoạt động theo nguyên tắc tự nguyện, tự quản, tự trang trải tài chính và bình đẳng giữa mọi hội viên. Cơ quan chấp hành hoạt động trên cơ sở bàn bạc dân chủ, lãnh đạo tập thể, cá nhân phụ trách, thiểu số phục tùng đa số.
Tổ chức Hội doanh nghiệp nhỏ và vừa Việt - Đức gồm:
- Đại hội toàn thể
- Ban chấp hành Hội
- Ban thường trực Hội
- Ban kiểm tra
- Các chi hội cơ sở
- Văn phòng Hội
- Các tổ chức trực thuộc